Nghiên cứu tương tác của hợp chất CID 16040294 với amyloid beta bằng phương pháp docking
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Giả thuyết amyloid thừa nhận rằng bệnh Alzheimer là bệnh liên quan đến quá trình tích tụ của peptide amyloid beta (Aβ) trong não ở ngoại bào. APP (Amyloid Precursor Protein) bị kích thích và bị cắt bởi các enzyme β-secretases và γ-secretases để tạo nên chuỗi Aβ. Trong đó Aβ42 thì độc tính hơn Aβ40 và là nguyên nhân gây chết tế bào thần kinh. Sử dụng phương pháp mô phỏng docking, nghiên cứu sự tương tác của CID 16040294 (GVD) với các sợi Aβ42. Kết quả cho thấy rằng CID 16040294 (GVD) tương tác mạnh với các sợi Aβ42, tương tác tốt nhất với cấu trúc sợi 2MXU và tương tác không liên kết có vai trò quan trọng hơn liên kết hydrogen trong trạng thái ổn định của cấu hình thụ thể-phối tử. Từ kết quả cho thấy rằng hợp chất GVD là chất tiềm năng điều trị bệnh Alzheimer.
Chi tiết bài viết
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Từ khóa
Amyloid beta, bệnh Alzheimer, năng lượng liên kết, phương pháp docking
Tài liệu tham khảo
Alzheimer’s, A. (2015). 2015 Alzheimer's disease facts and figures. Alzheimer's & dementia: the journal of the Alzheimer's Association, 11(3), 332.
Bush, A. I. (2002). Metal complexing agents as therapies for Alzheimer’s disease. Neurobiology of aging, 23(6), 1031-1038.
Colvin, M. T., Silvers, R., Ni, Q. Z., Can, T. V., Sergeyev, I., Rosay, M., ... & Griffin, R. G. (2016). Atomic Resolution Structure of Monomorphic A beta (42) Amyloid Fibrils. Journal of the American Chemical Society, 138(30): 9663-9674.
Hardy, J., & Selkoe, D. J. (2002). The amyloid hypothesis of Alzheimer's disease: progress and problems on the road to therapeutics. Science, 297(5580): 353-356.
Herrup, K. (2015). The case for rejecting the amyloid cascade hypothesis. Nature neuroscience: 794-799.
Kollman, P. A., Massova, I., Reyes, C., Kuhn, B., Huo, S., Chong, L., ... & Cheatham, T. E. (2000). Calculating structures and free energies of complex molecules: combining molecular mechanics and continuum models. Accounts of chemical research 33(12), 889-897.
Nasica-Labouze, J., Nguyen, P. H., Sterpone, F., Berthoumieu, O., Buchete, N. V., Cote, S., ... & Derreumaux, P. (2015). Amyloid β protein and Alzheimer’s disease: When computer simulations complement experimental studies. Chemical reviews, 115(9), 3518-3563.
Sanner, M. F. (1999). Python: a programming language for software integration and development. J Mol Graph Model, 17(1), 57-61.
Thai, N. Q., Nguyen, H. L., Linh, H. Q., & Li, M. S. (2017). Protocol for fast screening of multi-target drug candidates: Application to Alzheimer’s disease. Journal of Molecular Graphics and Modelling, 77, 121-129.
Trott, O., & Olson, A. J. (2010). AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, effi cient optimization, and multithreading. Journal of computational chemistry, 31(2), 455-461.
Viet, M. H., Chen, C. Y., Hu, C. K., Chen, Y. R., & Li, M. S. (2013). Discovery of dihydrochalcone as potential lead for Alzheimer’s disease: in silico and in vitro study. PloS one, 8(11), 79151.
Huy, P. D. Q., Yu, Y. C., Ngo, S. T., Van Thao, T., Chen, C. P., Li, M. S., & Chen, Y. C. (2013). In silico and in vitro characterization of anti-amyloidogenic activity of vitamin K3 analogues for Alzheimer's disease, Biochimica et biophysica acta, 1830(4), 2960-2969.
Viet, M. H., Siposova, K., Bednarikova, Z., Antosova, A., Nguyen, T. T., Gazova, Z., & Li, M. S. (2015). In silico and in vitro study of binding affinity of tripeptides to amyloid β fi brils: implications for Alzheimer’s disease. The Journal of Physical Chemistry B, 119(16), 5145-5155.
Wälti, M. A., Ravotti, F., Arai, H., Glabe, C. G., Wall, J. S., Böckmann, A., ... & Riek, R. (2016). Atomic-resolution structure of a disease-relevant Aβ (1-4c2) amyloid fibril. Proceedings of the National Academy of Sciences, 113(34), E4976-E4984.
Wilson, R. S., Segawa, E., Boyle, P. A., Anagnos, S. E., Hizel, L. P., & Bennett, D. A. (2012). The natural history of cognitive decline in Alzheimer's disease. Psychology and aging, 27(4), 1008.
Xiao, Y., Ma, B., McElheny, D., Parthasarathy, S., Long, F., Hoshi, M., ... & Ishii, Y. (2015). Aβ (1-42) fi bril structure illuminates self-recognition and replication of amyloid in Alzheimer's disease. Nature structural & molecular biology, 22(6), 499-505.
Các bài báo được đọc nhiều nhất của cùng tác giả
- Nguyễn Thanh Hiếu, Trần Thị Xuân Mai, Dương Vân Anh, Bùi Văn Thắng, Khảo sát khả năng hấp phụ xanh methylene trong nước bằng vật liệu MnFe2O4/bentonite , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 12 Số 2 (2023): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Việt)
- Bui Van Thang, Nguyen Thi Ngoc Qui, Tran Thi Xuan Mai, Nguyen Minh Thao, An investigation on the adsorption of methylene blue from water by MnFe2O4-modified diatomite , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 12 Số 5 (2023): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Huynh Thi Ngoc Thanh, Tran Thi Thanh Thu, Pham Thi My Hanh, Quach Kha Quang, Study on the interaction mechanism of penciclovir drug on 3CLpro of SAR-CoV-2 by simulation methods , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 12 Số 5 (2023): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Bùi Văn Thắng, Trần Thị Xuân Mai, Khảo sát hấp phụ As(V) trong dung dịch nước bằng vật liệu zeolite biến tính bằng Mn , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Số 24 (2017): Phần B - Khoa học Tự nhiên
- Lê Tấn Tài, Đường Thanh Luận, Bùi Văn Thắng, Nghiên cứu điều chế vật liệu bentonit lai vô cơ - hữu cơ và ứng dụng xử lý xanh methylen và phosphat trong nước , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Số 31 (2018): Phần B - Khoa học Tự nhiên
- Trần Thị Xuân Mai, Trần Việt Dũng, Bùi Văn Thắng, Khảo sát khả năng hấp phụ phenol đỏ và Mn(II) trong nước bằng vật liệu CTAB/Al-bentonit , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 9 Số 3 (2020): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Việt)
- Bùi Văn Thắng, Nguyễn Thị Thuỳ Trang, Khảo sát hấp phụ Cu2+ bằng vật liệu bentonit và bentonit hoạt hóa: ảnh hưởng của lượng chất hấp phụ, nồng độ ban đầu và đẳng nhiệt hấp phụ , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Số 14 (2015): Phần B - Khoa học Tự nhiên
- Huynh Thi Ngoc Thanh, Nguyen Quoc Thai, Pham Minh Tri, Identifying potential drugs for inhibition the M2 protein channel of influenza A by steered molecular dynamics , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 11 Số 5 (2022): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Bùi Văn Thắng, Nghiên cứu điều chế và đặc trưng cấu trúc của vật liệu bentonit biến tính nhôm , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Số 7 (2014): Phần B - Khoa học Tự nhiên
- Master Huynh Thi Ngoc Thanh, CN. Kieu Minh Nhan, CN. Kieu Nhat Ha, Dr. Nguyen Quoc Thai, Molecular mechanism of Ensitrelvir and its similarity inhibiting SARS-CoV-2 main protease by molecular dynamics simulation , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 13 Số 5 (2024): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)