Study on the interaction mechanism of penciclovir drug on 3CLpro of SAR-CoV-2 by simulation methods
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
Since the outbreak of SAR-CoV-2 infections in Wuhan (China), researched communication is on race to investigate the specific antiviral drug for Covid-19 treatment. 3CLpro main protease is chosen as a protein target because of its high value in preventing the SAR-CoV-2 viral replications. In this study, we hereby aim to clarify the efficiency of Penciclovir in inhibiting the mechanic of 3CLpro target of SAR-CoV-2. Using docking simulation and molecular dynamic simulation (SMD), the interaction of Penciclovir with 3CLpro target was investigated. The results show that Penciclovir strongly interacts with 3CLpro target, and the non-binding interaction plays a more important role than hydrogen bonding in the steady state of the receptor-ligand conformation.
Chi tiết bài viết
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Từ khóa
3CLpro, SAR-CoV-2, Penciclovir, docking method, SMD method
Tài liệu tham khảo
Bright, R. A., Shay, D. K., Shu, B., Cox, N. J., & Klimov, A. I. (2006). Adamantane resistance among influenza A viruses isolated early during the 2005-2006 influenza season in the United States. Jama, 295(8), 891-894.
Chovancova, E., Pavelka, A., Benes, P., Strnad, O., Brezovsky, J., Kozlikova, B., Gora, A., Sustr, V., Klvana, M., & Damborsky, J. (2012). CAVER 3.0, a tool for the analysis of transport pathways in dynamic protein structures. PLoS Computational Biology, 8(10), e1002708.
Das, K. (2012). Antivirals targeting influenza A virus. Journal of medicinal chemistry, 55(14), 6263-6277.
Grubmüller, H., Heymann, B., & Tavan, P. (1996). Ligand binding, molecular mechanics calculation of the streptavidin-biotin rupture force. Science, 271(5251), 997-999.
Isralewitz, B., Gao, M., & Schulten, K. (2001). Steered molecular dynamics and mechanical functions of proteins. Current Opinion in Structural Biology, 11(2), 224-230.
Kumar, S., & Li, M. S. (2010). Biomolecules under mechanical force. Physics Reports, 486(1), 1-74.
Lipinski, C. A., Lombardo, F., Dominy, B. W., & Feeney, P. J. (2012). Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings☆. Advanced Drug Delivery Reviews, 64, 4-17.
Mai, B. K., & Li, M. S. (2011). Neuraminidase inhibitor R-125489–a promising drug for treating influenza virus, steered molecular dynamics approach. Biochemical and Biophysical Research Communications, 410(3), 688-691.
Pielak, R. M., & Chou, J. J. (2011). Influenza M2 proton channels. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Biomembranes, 1808(2), 522-529.
Sanner, M. F. (1999). Python, a programming language for software integration and development. Journal of Molecular Graphics and Modelling, 17(1), 57-61.
Schnell, J. R., & Chou, J. J. (2008). Structure and mechanism of the M2 proton channel of influenza A virus. Nature, 451(7178), 591-595.
Sugrue, R. J., & Hay, A. J. (1991). Structural characteristics of the M2 protein of influenza a viruses, Evidence that it forms a tetrameric channe. Virology, 180(2), 617-624.
Trott, O., & Olson, A. J. (2010). AutoDock Vina, improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. Journal of Computational Chemistry 31(2), 455-461.
Vuong, Q. V., Nguyen, T. T., & Li, M. S. (2015). A new method for navigating optimal direction for pulling ligand from binding pocket, application to ranking binding affinity by steered molecular dynamics. Journal of Chemical Information and Modeling, 55(12), 2731-2738.
Nguyen, H. L., Thai, N. Q., & Li, M. S. (2023). Identifying inhibitors of NSP16-NSP10 of SARS-CoV-2 from large databases. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 41(15), 7045-7054.
Các bài báo được đọc nhiều nhất của cùng tác giả
- Tran Thi Ngoc Anh, Hoang Thi Thuy Duong, Pham Thi My Hanh, Tran Thi Thanh Thu, Application of 5E model in Natural Science teaching to develop students' nature-understanding competence in junior high school , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 12 Số 3 (2023): Chuyên san Khoa học Xã hội và Nhân văn (Tiếng Anh)
- Huỳnh Thị Ngọc Thanh, Nguyễn Quốc Thái, Bùi Văn Thắng, Nghiên cứu tương tác của hợp chất CID 16040294 với amyloid beta bằng phương pháp docking , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 12 Số 2 (2023): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Việt)
- Huynh Thi Ngoc Thanh, Nguyen Quoc Thai, Pham Minh Tri, Identifying potential drugs for inhibition the M2 protein channel of influenza A by steered molecular dynamics , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 11 Số 5 (2022): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Master Huynh Thi Ngoc Thanh, CN. Kieu Minh Nhan, CN. Kieu Nhat Ha, Dr. Nguyen Quoc Thai, Molecular mechanism of Ensitrelvir and its similarity inhibiting SARS-CoV-2 main protease by molecular dynamics simulation , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 13 Số 5 (2024): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Pham Truong Giang, Tran Quoc Tuan, Huynh Thi Ngoc Thanh, Nguyen Quoc Thai, Le Thi Ngoc Tu, Identification of the potential compounds for inhibition CD44 target of human breast cancer stem cells by docking method , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 13 Số 5 (2024): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)