Identification of the potential compounds for inhibition CD44 target of human breast cancer stem cells by docking method
Nội dung chính của bài viết
Tóm tắt
In a recent cell-based assay, it has been demonstrated that the F-19848A compound inhibits the binding of hyaluronan to the CD44 receptor, which is a cell-surface glycoprotein and a receptor for hyaluronan, a major component of the tumor extracellular matrix. The interaction between CD44 and hyaluronan has been shown to promote breast cancer metastasis according to evidence. In this study, the PubChem database contains more than 112 million compounds. This data is inputted for virtual screening find out top hits by combining Lipinski’s rule and docking method. With 20 configurations obtained by docking method, the lowest binding affinity ΔEbind achieved in the best docking mode was chosen as a scoring function for picking out top ligands. For inhibition the CD44 target, the top-leads compounds with binding energy less than -9.0 kcal.mol-1 and F-19848A have selected. By docking method, the binding site and other quantities were determined such as the number of hydrogen bonds (HB), non-bond contacts (NBC) of top ligands with CD44 target. Besides, the results also showed that the non-bonded contacts dominate over hydrogen bonds in the interaction between top ligands with CD44 target.
Chi tiết bài viết
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Tài liệu tham khảo
Berendsen, H. J., Postma, J. P., van Gunsteren, W. F., & Hermans, J. (1981). Interaction models for water in relation to protein hydration. In Intermolecular forces (pp. 331-342). Springer.
Bolton, E. E., Wang, Y., Thiessen, P. A., & Bryant, S. H. (2008). PubChem: integrated platform of small molecules and biological activities. Annu Rep Comput Chem, 4, 217-241.
Gökmen-Polar, Y., Nakshatri, H., & Badve, S. (2011). Biomarkers for breast cancer stem cells: the challenges ahead. Biomarkers in medicine, 5(5), 661-671.
Hortobagyi, G. N., de la Garza Salazar, J., Pritchard, K., Amadori, D., Haidinger, R., Hudis, C. A., . . . Namer, M. (2005). The global breast cancer burden: variations in epidemiology and survival. Clinical breast cancer, 6(5), 391-401.
Lipinski, C. A., Lombardo, F., Dominy, B. W., & Feeney, P. J. (2012). Experimental and computational approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and development settings. Adv. Drug Deliv. Rev., 64, 4-17.
Liu, L.-K., & Finzel, B. C. (2014). Fragment-based identification of an inducible binding site on cell surface receptor CD44 for the design of protein–carbohydrate interaction inhibitors. Journal of medicinal chemistry, 57(6), 2714-2725.
Naor, D., Nedvetzki, S., Golan, I., Melnik, L., & Faitelson, Y. (2002). CD44 in cancer. Critical reviews in clinical laboratory sciences, 39(6), 527-579.
Sanner, M. F. (1999). Python: a programming language for software integration and development. J. Mol. Graph. Model., 17(1), 57-61.
Trott, O., & Olson, A. J. (2010). AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading. J. Comput. Chem., 31(2), 455-461.
Các bài báo được đọc nhiều nhất của cùng tác giả
- TS Trần Quốc Tuấn, TS Ông Văn Hoàng, TS Nguyễn Thị Thu Cúc, Nguyễn Trọng Dũng, Ảnh hưởng của các yếu tố lên cấu trúc, quá trình kết tinh của hợp kim Cu1-xAux (x=0,25; 0,5; 0,75) bằng phương pháp mô phỏng động lực học phân tử , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 13 Số 2 (2024): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Việt)
- Huỳnh Thị Ngọc Thanh, Nguyễn Quốc Thái, Bùi Văn Thắng, Nghiên cứu tương tác của hợp chất CID 16040294 với amyloid beta bằng phương pháp docking , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 12 Số 2 (2023): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Việt)
- Huynh Thi Ngoc Thanh, Tran Thi Thanh Thu, Pham Thi My Hanh, Quach Kha Quang, Study on the interaction mechanism of penciclovir drug on 3CLpro of SAR-CoV-2 by simulation methods , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 12 Số 5 (2023): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Hà Thanh Tùng, Huỳnh Vĩnh Phúc, Lê Thị Ngọc Tú, Ảnh hưởng của phương pháp chế tạo lên hiệu suất của pin mặt trời chấm lượng tử , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 11 Số 2 (2022): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Việt)
- Le Thi Hoa, Tran Ngoc Bich, Nguyen Ngoc Hieu, Le Thi Ngoc Tu, Huynh Vinh Phuc, Dirac electron in gapped graphene under exponentially decaying magnetic field , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 11 Số 5 (2022): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Tran Ngoc Bich, Nguyen Ngoc Hieu, Ta Thi Tho, Le Thi Ngoc Tu, Huynh Vinh Phuc, Linear and nonlinear refractive index changes in monolayer MoSe2 , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 10 Số 5 (2021): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Huynh Thi Ngoc Thanh, Nguyen Quoc Thai, Pham Minh Tri, Identifying potential drugs for inhibition the M2 protein channel of influenza A by steered molecular dynamics , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 11 Số 5 (2022): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)
- Master Huynh Thi Ngoc Thanh, CN. Kieu Minh Nhan, CN. Kieu Nhat Ha, Dr. Nguyen Quoc Thai, Molecular mechanism of Ensitrelvir and its similarity inhibiting SARS-CoV-2 main protease by molecular dynamics simulation , Tạp chí Khoa học Đại học Đồng Tháp: Tập 13 Số 5 (2024): Chuyên san Khoa học Tự nhiên (Tiếng Anh)